قسم البحوث والدراسات والمخطوطات
يضطلع هذا القسم بمجموعة من الأنشطة الخاصة بالبحوث والدراسات و الإصدارات العلمية الخاصة بالمركز و كما يلي

• إعداد الدراسات والبحوث في مجالات اهتمام المركز (بحوث القرآن الكريم، بحوث السيرة النبوية والسنة الشريفة، بحوث العقيدة والديانات والمذاهب المعاصرة، بحوث فقهية، ودعوية، وفكرية، .وثقافية..)
• تحديد الباحثين والاختصاصيين الذين يكلفون بإعداد الكتب .وكتابة الدراسات والأبحاث من داخل المركز أو خارجه
• ترجمة الأبحاث والدراسات الإسلامية التي تتناسب مع أهداف المركز إلى اللغات غير العربية، وكذلك ترجمة الدراسات المماثلة من .اللغات الجنبية إلى اللغة العربية
• .الإشراف على إصدار منشورات المركز
• .تنظيم المسابقات البحثية

قسم الثقافة والعلاقات العامة
يمثل هذا القسم حلقة الوصل بين المركز والمؤسسات والذوات عبر جملة وسائل وكما يلي

• يتولى القسم مسؤولية التعريف برسالة المركز ودوره ونشاطاته وإنجازاته
• خلق تفاهم متبادل واتصال فعال بين المركز والجهات الأخرى من خلال توثيق الصلات مع المراكز العلمية والبحثية الوطنية والعربية والإقليمية والإسلامية والدولية.
• بناء علاقات مع وسائل الإعلام المختلفة
• المشاركة في الأنشطة المتنوعة من مؤتمرات وندوات لغرض التعريف بالمركز وديمومة تواصله مع الجهات الأخرى.

قسم المكتبة
يعد هذا القسم من الأقسام المهمة بالمركز وذلك للخدمات التي يوفرها عبر عدة وسائل وهي:

• توفير المصادر الورقية والإلكترونية على شكل كتب ودوريات ووثائق ورسائل جامعة وغير ذلك
• إجراء كافة العمليات الفنية المتعلقة بالفهرسة والتصنيف والاستخلاص
• تزويد المستفيدين من الخدمات المكتبية والمعلوماتية بالطرق العصرية
• متابعة وتطوير خدمة البحث عن الإنتاج الفكري سواء بالوسائل التقليدية أم الإلكترونية بما يتناسب مع قواعد المعلومات المتوفرة في المركز وشبكة الإنترنت وغير ذلك

قسم الشؤون الإدارية و المالية
يباشر هذا القسم مجموعة المهام المناطة به عبر عدة محاور وكما يلي:

• يتولى القسم مسؤولية المهام المرتبطة بشؤون العاملين بالمركز والشؤون القانونية والإدارية والتخطيط والإحصاء
• تأمين الخدمات الإدارية لعناصر المركز وفقاً للسياسة المرسومة له من قبل إدارة المركز
• الإشراف على مراسلات المركز وحفظ إرشيفه وتأمين صيانة المبنى والخدمات اللازمة له
• الإشراف على الشؤون المالية للمركز وإعداد الميزانية وتنظيم شؤون الرواتب والأجور والتعويضات والمكافآت
• تنظيم العقود وتأمين لوازم المركز
• الإشراف على تنظيم السجلات والقيود المالية والمحاسبية

قسم التدريب ونظم وتقنيات المعلومات
ويقوم هذا القسم بجملة من الأنشطة والمهام في المركز وكما يلي

• تزويد الباحثين بالتقنيات الخاصة بأنظمة وأدوات الاتصال الحديثة
• تطوير النظم الآلية و اتمام الإجراءات في أقسام المركز لتسهيل انسيابية العمل وسرعة فاعليته لخدمة الباحثين
• تحليل نظم المعلومات والعمليات الثقافية البحثية
• إدارة موقع المركز على شبكة الإنترنت ومتابعة تحديثه باستمرار
• الاهتمام بتدريب الباحثين وتطوير مهاراتهم في مجال تقنيات المعلومات من خلال دورات تكوينية